Μεγάλη αύξηση των πλοίων που φτάνουν στην Κρήτη και τη Γαύδο, τους τελευταίους μήνες παρατηρείται στα νησιά τα οποία δεν διαθέτουν καμία επίσημη υποδομή για την πρώτη υποδοχή αιτούντων άσυλο και τις διαδικασίες ταυτοποίησης. Οι νεοαφιχθέντες στην Γαύδο παραμένουν μόνο για λίγες ώρες εκεί, ενώ, αν δεν υπάρχει ακτοπλοϊκή σύνδεση, μπορεί να μείνουν και περισσότερο. Όσοι και όσες φτάνουν στη Γαύδο και τα Χανιά, συχνά μεταφέρονται στη συνέχεια στις παιδικές κατασκηνώσεις στον Καλαθά Ακρωτηρίου.
Σύμφωνα με την εύρυνα της RSA, (Refugee Support Aegean – Υποστήριξη Προσφύγων στο Αιγαίο) που είναι μία αστική μη κερδοσκοπική εταιρεία που στοχεύει στην παροχή νομικής υποστήριξης προσφύγων, και την παρακολούθηση και ανάδειξη παραβιάσεων ανθρωπίνων δικαιωμάτων, όσοι και όσες φτάνουν στον νομό Ηρακλείου, μεταφέρονται συνήθως στην αίθουσα των Λιμενεργατών στο λιμάνι του Ηρακλείου, όπου δεν υπάρχει καμία υποδομή ούτε καν κρεβάτια, και ο οποίος επίσης φυλάσσεται από την αστυνομία.
Από τις αρχές του Σεπτέμβρη έως σήμερα υπολογίζεται ότι έχουν φτάσει 17 πλοιάρια σε διάφορες περιοχές της Κρήτης αλλά και της Γαύδου. Εκτιμάται ότι προέρχονται στην πλειοψηφία τους από τις ακτές της Λιβύης.
Σύμφωνα με αναφορές των αφιχθέντων μεταναστών, ο προορισμός τους δεν είναι η Ελλάδα, αλλά η Ιταλία. Συνήθως πρόκειται για μικρά πλοιάρια που μεταφέρουν 30-50 άτομα, ανάμεσα τους και παιδιά. Τα τοπικά MME κατά καιρούς αναφέρονται σε πληροφορίες του Λιμεναρχείου πως οι ομάδες προέρχονται από μεγαλύτερο σκάφος, το οποίο πλέει στα διεθνή ύδατα με προορισμό την Ιταλία, με ακόμη μεγαλύτερο αριθμό προσφύγων. Εξαιτίας της μεγάλης κίνησης πλοίων νότια της Κρήτης, ο εντοπισμός του είναι ιδιαίτερα δύσκολος.
Μετά από λίγες ημέρες παραμονής στους ανεπίσημους χώρους φιλοξενίας στην Κρήτη, οι άνθρωποι μεταφέρονται σε δομές της ενδοχώρας για την ταυτοποίηση και καταγραφή τους, κυρίως στο Κέντρο Υποδοχής και Ταυτοποίησης (ΚΥΤ) της Μαλακάσας αλλά και σε κάποιες περιπτώσεις, στο Προαναχωρησιακό Κέντρο Κράτησης Αλλοδαπών Αμυγδαλέζας, π.χ εάν πρόκειται για άτομα από τρίτες χώρες χωρίς αμιγώς προσφυγικό προφίλ, όπως η Αίγυπτος, ή εάν είναι πλήρες το ΚΥΤ της Μαλακάσας. Γεγονός είναι ότι, σχετικά με τη μεταφορά σε δομές στην ενδοχώρα, δεν ακολουθείται μία κοινή πρακτική για κάθε άφιξη (παλαιότερα μεταφέρονταν στο ΚΥΤ της Κω), κάτι που δυσκολεύει, επιπλέον, τη σωστή ενημέρωση των νεοαφιχθέντων, όταν αυτή είναι εφικτή.
Ο Δήμος Χανίων ισχυρίζεται ότι είναι δυσβάστακτο το κόστος φιλοξενίας, επισημαίνοντας ότι μόνο για την φιλοξενία των 215 προσφύγων που έχουν εντοπιστεί τους 2,5 τελευταίους μήνες σε Γαύδο και Κίσσαμο, το κόστος αγγίζει τα 30.000 ευρώ. «η πολιτεία, παρά τις αρχικές δεσμεύσεις της για χρηματοδότηση του μοναδικού Δήμου στα Χανιά που φιλοξενεί πρόσφυγες, δεν έχει πιστώσει ούτε ένα ευρώ για την φιλοξενία αυτών των ανθρώπων» δήλωσε η αρμόδια σε θέματα πρόνοιας και κοινωνικής πολιτικής του Δήμου Χανίων, αντιδήμαρχος Ελένη Ζερβουδάκη.
Τα μέλη της «Υποστήριξης» βρίσκονται μόνιμα στα νησιά του Βορείου Αιγαίου και την ενδοχώρα και πραγματοποιούν συστηματικές επισκέψεις ανά την επικράτεια για να παρακολουθήσουν τις εξελίξεις.